Abstract: M. A. Smith, T. Ersavas, J. M. Ferguson, H. Liu, M. C. Lucas, O. Begik, L. Bojarski, K. Barton, E. M. Novoa (2020)

Nanopore sequencing enables direct measurement of RNA molecules without conversion to cDNA, thus opening the gates to a new era for RNA biology. However, the lack of molecular barcoding of direct RNA nanopore sequencing data sets severely affects the applicability of this technology to biological samples, where RNA availability is often limited. Here, we provide the first experimental protocol and associated algorithm to barcode and demultiplex direct RNA nanopore sequencing data sets. Specifically, we present a novel and robust approach to accurately classify raw nanopore signal data by transforming current intensities into images or arrays of pixels, followed by classification using a deep learning algorithm. We demonstrate the power of this strategy by developing the first experimental protocol for barcoding and demultiplexing direct RNA sequencing libraries. Our method, DeePlexiCon, can classify 93% of reads with 95.1% accuracy or 60% of reads with 99.9% accuracy. The availability of an efficient and simple multiplexing strategy for native RNA sequencing will improve the cost-effectiveness of this technology, as well as facilitate the analysis of lower-input biological samples. Overall, our work exemplifies the power, simplicity, and robustness of signal-to-image conversion for nanopore data analysis using deep learning.

Please note: The abstracts of the bibliography database may underly other copyrights.

Ihr Browser versucht gerade eine Seite aus dem sogenannten Internet auszudrucken. Das Internet ist ein weltweites Netzwerk von Computern, das den Menschen ganz neue Möglichkeiten der Kommunikation bietet.

Da Politiker im Regelfall von neuen Dingen nichts verstehen, halten wir es für notwendig, sie davor zu schützen. Dies ist im beidseitigen Interesse, da unnötige Angstzustände bei Ihnen verhindert werden, ebenso wie es uns vor profilierungs- und machtsüchtigen Politikern schützt.

Sollten Sie der Meinung sein, dass Sie diese Internetseite dennoch sehen sollten, so können Sie jederzeit durch normalen Gebrauch eines Internetbrowsers darauf zugreifen. Dazu sind aber minimale Computerkenntnisse erforderlich. Sollten Sie diese nicht haben, vergessen Sie einfach dieses Internet und lassen uns in Ruhe.

Die Umgehung dieser Ausdrucksperre ist nach §95a UrhG verboten.

Mehr Informationen unter www.politiker-stopp.de.

Molecular barcoding of native RNAs using nanopore sequencing and deep learning